有机肥主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。

处理方法

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有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。

EM堆腐法

EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合细菌、放线菌、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：
　　（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
　　（2）将人、畜粪便风干至含水量为30%~40%。
　　（3）取稻草、玉米秆和青草等，切成长1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
　　（4）将稻草等膨松物与粪便按重量10：100混合搅拌均匀，并在水泥地上铺成长约6米、宽约1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
　　（5）在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000千克肥料洒1000~1500毫升。
　　（6）按同样的方法，在上面再铺第二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味。各地要根据具体条件，反复试验、摸索才行。